Для поддержки перспективных молодых ученых в ИСЭМ СО РАН ежегодно присуждаются стипендии имени выдающихся ученых, работавших в институте - первых трех директоров института Л.А. Мелентьева, Ю.Н.Руденко, А.П. Меренкова и одного из ведущих специалистов в области электроэнергетики Е.И. Ушакова
- Стипендия им. Л.А. Мелентьева присуждается за работы по комплексным проблемам ТЭК, теплоэнергетике, экономике энергетики и методологии системных исследований в энергетике
- Стипендия им. Ю.Н. Руденко присуждается за работы по электроэнергетическим системам, надежности и безопасности в энергетике
- Стипендия им. А.П. Меренкова присуждается за работы по гидравлическим цепям и системам, прикладной математике и информатике
- Стипендия им. Е.И. Ушакова присуждается за работы по устойчивости электроэнергетических систем и управления ими.
